Descasque e corte as cebolas em meias-luas de 0,5 cm.
Aqueça uma panela com o azeite, adicione as cebolas e tempere com uma pitada de sal. Cozinhe por 10 minutos, mexendo de vez em quando, até começar a ficar dourada e bem macia.
Regue com o vinho e raspe bem o fundo da panela com uma espátula para dissolver os queimadinhos.
Acrescente o açúcar, o vinagre e o tomilho e misture.
Tempere com ½ colher (chá) de sal, pimenta a gosto e misture bem.
Quando ferver, baixe o fogo e deixe a geleia de cebola com vinho tinto cozinhar por 25 minutos, mexendo de vez em quando até as cebolas ficarem macias e com uma calda brilhante (o ponto correto da geleia é meio líquido, pois só ganha consistência após o descanso na geladeira).
Transfira a geleia de cebola para um pote de vidro esterilizado, com fechamento hermético. Espere esfriar, feche e leve para a geladeira para descansar por, no mínimo, 1 hora.
Sirva a geleia de cebola fria como acompanhamento de queijos, grelhados, pães, petiscos e tortas.